Asal usul Desa Wedung, Demak, terkait dengan sejarah pembangunan Masjid Agung Demak pada akhir abad ke-15. Pada masa itu, kepulauan di sekitar wilayah tersebut dikenal sebagai kepulauan Wadung. Pembangunan Masjid Agung Demak membutuhkan 4 tiang jati (Soko) yang awalnya berasal dari hutan Muria Kudus dan diangkut dari Kudus melalui jalur laut menggunakan getek (rakit).

Namun, dalam perjalanan menuju Demak, getek pembawa kayu jati dari hutan Muria mengalami kecelakaan dan terdampar di Kepulauan Gajah-Oyo karena ombak besar. Setelah diteliti, hanya tersisa 3 dari 4 gelondong tiang jati (soko) karena satu di antaranya hilang. Para pekerja berusaha mencari wadung (bagian penyangga getek) yang hilang, tetapi usaha mereka tidak membuahkan hasil dan diperkirakan wadung tersebut telah tenggelam di perairan Kepulauan Gajah-Oyo.

Getek berhenti di desa ujung-timur bagian selatan yang kemudian dinamakan Desa Gribigan. Kemudian, masyarakat setempat, yang mayoritas adalah kaum nelayan, menggunakan jaring "krikit" yang ditarik bersama menyusuri pantai hingga akhirnya muncul jaring trol atau jaring pukat harimau. Dalam mengenang peristiwa tersebut, tempat ini kemudian dikenal sebagai Kepulauan Wadung.

Seiring perkembangan masyarakat dan pulau-pulau di wilayah tersebut menjadi desa-desa, Kepulauan Wadung berubah menjadi Pedesaan Wedung, dan akhirnya hanya disebut Desa Wedung.

Jadi, asal usul Desa Wedung Demak terkait erat dengan sejarah perjalanan pembangunan Masjid Agung Demak dan peristiwa kecelakaan getek yang membawa kayu jati untuk tiang masjid di wilayah tersebut.